Det var under natten mot tisdagen som stora delar av moskén i Vivalla i Örebro förstördes i en brand.
20-åringen som kommer från El Salvador är tidigare dömd för narkotikabrott och misshandel. Han är inte svensk medborgare men bor i Örebro.
Mannen misstänks också för förberedelse till mordbrand i en kiosk i Örebro.
Polisen ser fortfarande inga politiska eller religiösa motiv till brottet.