Uppgifterna kommer från den slovakiske EU-parlamentarikern och ordföranden för Europeiska kristliga politiska rörelsen (ECPM), Branislav Škripek.
Det var i torsdags Škripek tog upp frågan i Europaparlamentets utskott för medborgerliga fri- och rättigheter samt rättsliga och inrikes frågor (LIBE).
Enligt Škripek ska den maltesiska regeringen under åren 2013-2014 ha sålt 88 000 Schengenvisum och ytterligare en mängd hälsovisum till personer i Libyen.
I centrum står Neville Gafa som arbetat nära den maltesiska premiärministern Joseph Muscat.
Fallet ska ha uppmärksammats redan för två år sedan av den maltesiske konservative politikern Ivan Grech Mintoff, ledare för ett parti som tillhör ECPM, men då inte fått lika stor uppmärksamhet.
Enligt Škripek är Mintoffs liv i fara på grund av hans avslöjande och landets polis försöker sopa fallet, som i måndags lämnades in till en maltesisk domstol, under mattan.
De som betalade mer fick ett visum utan några som helst kontroller.
Outrageous that the Maltese are selling EU visas in Libya. How many ISIS supporters are among that number? https://t.co/jIfX2OaKYv
— Nigel Farage (@Nigel_Farage) 22 juni 2018
Liksom Mintoff befarar Škripek att terrorister kan ha funnits bland de tiotusentals som getts en fri passage in i EU.
EU-parlamentarikern kräver nu att EU-kommissionen utreder fallet och så fort som möjligt vidtar nödvändiga åtgärder för att säkerställa säkerheten i Europa.
Škripek betonade också att fallet kan ligga bakom mordet på den maltesiska journalisten Daphne Caruana Galizia förra året som utredde korruption på Maltas konsulat i Algeriet, inklusive utfärdandet av Schengenvisum till personer som vanligtvis inte hade fått dem.
Kommentarer förhandsgranskas inte av Samnytt och är inte redaktionellt material. Du är själv juridiskt ansvarig för det du skriver i kommentarsfältet. Klicka här för att läsa våra kommentarsregler.