Enligt inrikesministeriet befinner sig migranterna 70 kilometer söder om gränsen och man har erbjudit Kroatien hjälp med att hantera migranterna.
I Kroatien har man stora problem med våldsamma migranter som kastar sten mot polisen och kräver att få passera vidare till norra Europa.
De kommer via Bosnien som inte är EU-medlemmar. Hittills i år har 16 000 migranter från länder som Afghanistan, Pakistan, Iran och Marocko lyckats ta sig in i EU den vägen.
I onsdags ska hundratals migranter ha lyckats bryta sig igenom polisens avspärrningar och tagit sig in i Kroatien.