På torsdagen attackerade en grupp bestående av 300 mestadels afrikanska migranter polisen med stenkastning. Man förstörde även portabla toaletter och tände eld på tält. Polisen svarade med tårgas.
Upploppet skedde i asyllägret i staden Vathy på Samos, rapporterar Reuters. Röken från de anlagda bränderna blev så kraftig att två förskolor och en skola i närheten fick evakueras.
Antalet migranter som kommer till Europa och Grekland har stadigt ökat under de senaste månaderna. Lägret på Samos är avsett för 648 personer men huserar i dag mellan 6 000 och 8 000 migranter.
Upploppet på torsdagen var kulmen på en flera dagar lång protest mot förhållandena i lägret och man kräver att förflyttas till fastlandet.
Redan tidigare i veckan, i tisdags, förekom våldsamheter då migranterna försökte ockupera stadens torg. Enligt stadens borgmästare ska migranterna ha satt eld på fem bilar på vägen dit.
Den grekiska regeringen har tidigare uppgett att man ska stänga lägren och flytta migranterna till fastlandet. Omkring 1 000 personer har också flyttats per vecka men samtidigt fortsätter inflödet – bara under den senaste veckan har nästan 2 000 migranter kommit.